4 szezon után távozik Jonathan az Intertől. A brazil védő szerződése június végén jár le a kék-feketéknél, ám már korábban kiderült, hogy nem kívánják meghosszabbítani a 29 éves játékos kontraktusát. Jonathan 2011 júliusában szerződött Milánóba a Santostól, majd 2012 januárjában a Parmához került kölcsönbe ahol 12 mérkőzésen egy gólt szerzett. A 2012/2013-as szezonban sem vált alapemberré, hiszen a bajnoki mérkőzéseken is csak 8 alkalommal kapott szerepet, tízszer pedig az Európa Ligában bizonyíthatott. A 2013/2014-es szezonban az akkor már Walter Mazzarri irányította csapat alatt több lehetőséget kapott, 31 Serie A-s fellépése során 3 gól és 7 gólpassz volt a mérlege. A 2014/2015-ös idény azonban sötét időszakot jelentett Jonathan számára, hiszen 2014 szeptemberének végén megsérült, ami kihatott az egész szezonjára, térdproblémáival a mai napig küzd. Bár a legutolsó hírek szerint már június közepén ismét edzésbe állhat, a következő szezont már nem az Internél tölti. A Gazzetta Dello Sportnak az alábbiakat nyilatkozta a napokban.
"Voltak szép és voltak rossz időszakaim is az Internél. Walter Mazzarri alatt éreztem igazán, hogy jó formában vagyok. A távozása óta azonban sok minden megváltozott, nem találtam már úgy igazán a helyem a keretben. Sajnos a sérülések engem sem kerültek el, ami még jobban megnehezítette a csapatba visszakerülésémet. De itt szeretnék hálás lenni az Internek, hogy türelmesek voltak velem kapcsolatban, és ahol tudak segítettek a gyógyulásban. Megtanultam nem feladni, bizakodva tekinteni a jövő felé és pozitívan gondolkodni a pályafutásommal kapcsolatban. Nem tudom hol folytatom még, de legszívesebben itt maradnék Olaszországban, a családom is megszerette ezt az országot. Hiányzik a játék, a szurkolók buzdítása és rájöttem mennyire fontos is egy futballistának mentálisan mindez. Mancinivel csak rövid ideig dolgozhattam együtt és kialakítottunk egy jó kapcsolatot. Remek edző aki sikerre vezetheti majd a csapatot a későbbiekben."
